耶拿大学设有十大学院，各院分系如下：
神学院
法学院
科学院
哲学院
哲学系
历史系
德国文学系
德语系
对外德语教学系
考古系
东方语言系
英语系
斯拉夫语系
拉丁语系
荷兰语系
音乐系
社会科学与社会行为科学学院
心理学系
体育系
政治系
社会学系
新闻媒体系
伦理专业
教育系
教育与文化系
数学与通讯学院
应用数学系
统计学系
数学系
信息学系
物理天文学院
应用光学系
固体物理系
应用物理系
材料与工艺系
理论物理学系统
固体理论光学系
天体物理系
化学-地学系
无机化学与分析化学系
有机化学与 巨分子化学
物理化学系
技术化学系
玻璃化学
地理学系
地球学系
生物药物学院
植物与植物生理学系
园艺系 (与耶拿植物园合办)
动物学系
Spezielle Zoologie und Evolutionsbiologie mit Phyletischem Museum
科学技术史系
微生物系
生态学系
生物化学与生物物理系
营养学系
药物学系
医学院
解剖学系
生物化学系
放射学系
人体遗传与人类学系
临床免疫学系
临床化学与诊断系
医学微生物系
医疗统计系
病理生物系
病理学系
药物学与毒品学系
生理学系
临床药物学系
Phoniatrie und Pädaudiologie
医药生理学系
理疗系
法医学
Transfusionsmedizin
兽医学系
免疫学系
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经济学院 下设3个学士学位专业和4个硕士学位专业: 媒体经济学(Medienwirtschaft )，经济信息学(Wirtschaftsinformatik )，经济工程(Wirtschaftsingeneurwesen )，企业管理(Allgemeine Betriebswirtschaftslehre )(硕士)...[详细] 【回答】
数学自然科学学院 下设3个学士学位专业和5个硕士学位专业: 应用媒体学(Angewandte Medienwissenschaft )，数学(Mathematik )， 物理(Technische Physik)，数学和经济数学(Mathematik und Wirtschaftsmathematik )(硕士)，...[详细] 【回答】
机械学院 下设4个学士学位专业和4个硕士学位专业:汽车技术(Fahrzeugtechnik )，机电一起化(Mechatronik )，机械制造(Maschinenbau )，光学(Optronik )[详细] 【回答】
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学生姓名186**
评估项目美国大学+院校录取评估
评估专业自然科学
考试成绩 托福:106.00SAT:2060.00
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学生姓名186**
评估项目美国大学+院校录取评估
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考试成绩 托福:104.00SAT:2280.00
评估背景GPA成绩：93.0 学科竞赛：1项 社团活动：1项 兴趣爱好：1项
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学生姓名138**
评估项目美国研究生+升学选校评估
评估专业计算机与信息科学
考试成绩 托福:100.00新GRE:320.00
评估背景GPA成绩：84.0 学科竞赛：1项 社团活动：1项 兴趣爱好：1项 学科竞赛：1项社团活动：1项研究能力：>1项工作经验：1项
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学生姓名419**
评估项目美国大学+升学选校评估
评估专业商科
考试成绩 托福:106.00SAT:2040.00
评估背景GPA成绩：90.0 学科竞赛：1项 社团活动：1项 兴趣爱好：1项 兴趣爱好：1项
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学生姓名180**
评估项目美国研究生+院校录取评估
评估专业信息、工程管理
考试成绩 托福:90.00GMAT:680.00
评估背景GPA成绩：3.3 学科竞赛：1项 社团活动：1项 兴趣爱好：1项 社团活动：2项兴趣爱好：1项
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