史前时期与早期王朝

　　人类在这个区域栖息的最古老证据可追溯到距今四万年前。第一批居住在马来半岛的人类是尼格利陀人，又称矮黑人。古代印度人称马来半岛为黄金半岛(印度文：Suvarnadvipa，英文：Golden Peninsula)。在托勒密的世界地图上，也称马来半岛为黄金半岛(拉丁语：Golden Chersonese)，马六甲海峡则称为象牙海湾(拉丁语：Sinus Sabaricus)。 华人与印度人在2世纪与3世纪在这个区域建立许多贸易港与城镇，依据中国史料记载，数量多达30个。两国对马来西亚的地域文化影响深远。在公元的最初几个世纪直至14世纪初，马来半岛的人们主要信仰佛教和印度教等等的印度宗教，早在4世纪，更采用梵语做为书写文字。[30]在7世纪到13世纪之间，马来半岛的许多地区由三佛齐帝国所统治，其中心位于苏门达腊的巨港。在三佛齐衰落后，以爪哇为统治中心的满者伯夷帝国对于大部分的印度尼西亚、马来半岛及婆罗洲沿海地区具有影响力。

　　马六甲王朝

　　来自三佛齐皇室的王子拜里米苏拉，建立了马六甲苏丹王朝，普遍被认定为马来半岛的第一个独立国家。[31]拜里米苏拉的王子，美甲·伊斯坎达·沙转信伊斯兰教，而且马六甲苏丹王朝的显赫地位及政治势力促使伊斯兰教传遍临近小国，某种程度上在15世纪加速回教为马来人的主要宗教。另外，此时的马六甲也成为国际和东南亚最繁忙的贸易港口之一。

　　欧洲殖民与后继王朝

　　首度的殖民统治发生于1511年，葡萄牙舰队攻占马六甲，建立殖民地。马六甲末代苏丹马哈茂德沙辗转流亡于马来半岛与廖内群岛，联合各地数度意图收复马六甲不果，最终死于苏门达腊甘巴(Kampar)，他的两位儿子分别即位建立了霹雳王朝与柔佛王朝，其中控制半岛南部的柔佛继续成为对抗葡萄牙的主要势力之一。

　　来自苏门达腊北部新兴的亚齐王朝则在苏丹依斯干达·慕达的统治下开始在马来半岛北部扩充领土，包括霹雳、吉打等。1619年，更将源于马六甲王室的彭亨苏丹艾哈迈德沙虏往亚齐。葡萄牙、柔佛与亚齐三股势力在这期间时互有和战，尤其彭亨的控制权数度辗转于三方之手。

　　1629年，葡萄牙联合柔佛摧毁了亚齐所有战船，迫使其撤出马来半岛。但亚齐依然可以在同年攻占吉打，并将其居民虏往亚齐。依斯干达·慕达死后，其外甥依斯干达塔尼(彭亨苏丹艾哈迈德沙之子)继位为亚齐苏丹。

　　直到1641年，荷兰联合柔佛攻下马六甲。此后，荷兰与柔佛保持联合关系。半岛北部各王朝则渐渐成为暹罗的藩属。

　　英殖民时期

　　英国的势力在1785年开始进入马来半岛，那一年英国东印度公司向吉打苏丹租借了槟城。不久，英国方面采取诈取计谋夺得槟城。[33]1819年开始又从柔佛取得新加坡的管理权，与荷兰展开竞争。

　　1824年，英国与荷兰签署1824年英荷条约，最终确立了英国对马来亚的霸权，荷兰撤出马六甲并放弃所有在马来亚的利益，而英国则承认荷兰对东印度剩余地区的利益。柔佛王朝也从此一分为二，新加坡以南的廖内划于荷兰势力范围，成为廖内王朝。

　　1826年，英国殖民政府将槟城、马六甲、新加坡与纳闽联合组成了一个英国海外领地，名为海峡殖民地。在20世纪之交，彭亨、雪兰莪、霹雳与森美兰，合称为马来联邦，实际上控制在英国代办手里，帮助这些马来统治者管理国事，这些代办很快就成为这些国家的真正统治者。

　　在马来半岛上的其他五个州合称马来属邦，虽然并未直接受到英国统治，也在20世纪初接受了英国代办。

　　英属婆罗洲

　　沙巴受到英国北婆罗洲特许公司(North Borneo Chartered Company)控制。詹姆士·布鲁克从文莱苏丹手中取得沙捞越，以“白色拉惹”(White Raja)或“白肤国王”身分统治这个国家直到1946年，将这块领土交给英国为止。

　　二战与战后独立运动

　　在第二次世界大战，随着日本占据马来亚，各族间的关系日趋紧张，然而大众对独立的支持亦逐渐增长。[36]战后英国宣布了一个组织马来亚联邦的计划，这将原先属于马来联邦和马来属邦的苏丹国，加上槟城和马六甲(但不包括新加坡)合组一个英国海外领地，并在数年后独立。这个计划遭到马来人强力反对，因为它削弱了马来统治者的地位，并且将公民权赋予马来亚华人与少数民族。，马来亚联邦在1946年建立，在1948年解散。

　　代之以马来亚联合邦，在英国保护下，恢复了马来苏丹国各统治者的自治权。与此同时，共产党则在积极准备暴动。马来亚共产党发动游击队行动，期望迫使英国势力撤离马来亚。在马来亚紧急状态从1948年持续到1960年，并有英联邦军队驻扎在马来亚，从事反游击队战争。

　　独立建国至今

　　1957年8月31日，马来亚正式脱离英国独立。1963年，马来亚连同英国海外领地的沙巴、沙捞越与新加坡合组马来西亚，是一个由马来族、华族、印度族及东马原住民族等多元民族共同建立的国家。马来西亚原定于1963年8月31日成立，这天恰好是马来亚独立以及英国赋予新加坡、沙巴和沙捞越自治权的纪念日。然而，印尼总统苏加诺提出反对，而且沙捞越人民联合党发动了多次抗争行动，延迟了马来西亚的成立。最后，马来西亚于1963年9月16日正式诞生。

　　在马来西亚成立之初，即经历了的马印冲突(Konfrontasi)、1965年新加坡独立[39]以及1969年的五一三事件。

　　1969年5月13日，首都吉隆坡发生种族冲突。在五一三事件之后，阿卜杜勒·拉扎克政府开始推行的颇受争议的新经济政策，目标是想通过配额制，提高土著(bumiputera)的经济权益比例。此后，马来西亚维持一套精心规划的族群政治平衡，政府体系试图将整体的经济发展，与政治经济政策相结合，以提倡所有民族的平等参与。

　　在1980年代到1990年代中期，马哈迪担任总理期间，马来西亚经历了快速的经济成长。 由原先以农业为基础的经济，转变为以制造业与工业为主的经济，特别在电脑与消费性电器产品。在这段期间，马来西亚的地理景观也因着多项大型计划而改变。包括国家石油公司的双峰塔(曾经是世界最高建筑物，目前仍是世界最高的双子星大楼)、吉隆坡国际机场、马来西亚南北高速公路、雪邦国际赛义德·道、多媒体超级走廊、沙捞越巴贡水坝以及新的联邦行政首都布城直辖区。在1990年代晚期，马来西亚受到亚洲金融危机以及副总理安瓦尔去职所导致的政治不安所撼动。2004年，国阵获得全民支持，历史性地以赢得90%国会议席，继续地执政，但直到2008年，国阵政府面对反对党的强烈抗衡，让国阵首次建国以来，失去国会3分之2的多数议席。反对党以回教党，民主行动党和公正党为联盟，称之为民联。民联的成立，强化了反对阵线的力量，但三党的政治理念不同一直受到执政阵线的抨击，而民联三党的未来取决于政治理念的共识。